白鹿洞书院虽为宋初所建，但不久即废。直到著名理学家朱熹重修书院之后，白鹿洞书院才扬名国内。南宋淳熙六年，朱熹出任知南康军（治所在鄱阳湖边的星子县）。朱熹到任时，白鹿洞书院已经毁于兵燹，栋宇消落，林园荒芜，触目皆是尘封书海，网结门廊。经过朱熹的一再请求，宋孝宗终于同意重建白鹿洞书院。修葺后的白鹿洞书院，以圣礼殿为中心，组成一个错落有致、相得益彰的庞大建筑群。书院共有殿宇书堂三百六十余间，其中包括御书阁、明伦堂、宗儒词、先贤祠、忠节祠等。圣礼殿是用于学生拜谒孔子的殿堂，门上方两块匾额写有“学达性天”、“万世师表”的字样。在文会堂有朱熹亲书“鹿豕与游，物我相忘之地；峰泉交映，知仁独得之天”的对联。
朱熹不仅为白鹿洞书院修建院房，筹措院田，聚书延师，设课招生，制定学规，使白鹿洞书院走上了振兴之路，成为全国著名的四大书院之一。朱熹在白鹿洞书院进行了一系列革新，使它作为“私学”系统的代表，在教育体制和教学方式上都有别于当时的“官学”体系，而成为同时和后来兴起的一系列书院效法的楷模。朱熹还建立了严格的书院规章制度《白鹿洞书院教规》。原文如下：
父子有親。君臣有義。夫婦有別。長幼有序。朋友有信。
右五教之目。堯、舜使契為司徒，敬敷五教，即此是也。學者學此而已。而其所以學之之序，亦有五焉，其別如左：
博學之。審問之。謹思之。明辨之。篤行之。
右為學之序。學、問、思、辨四者，所以窮理也。若夫篤行之事，則自修身以至於處事、接物，亦各有要，其別如左：
言忠信。行篤敬。懲忿窒欲。遷善改過。
右修身之要。
正其義不謀其利。明其道不計其功。
右處事之要。
己所不欲，勿施於人。行有不得，反求諸己。
右接物之要。
熹竊觀古昔聖賢所以教人為學之意，莫非使之講明義理，以修其身，然後推以及人，非徒欲其務記覽，為詞章，以釣聲名，取利祿而已也。今人之為學者，則既反是矣。然聖賢所以教人之法，具存於經，有誌之士，固當熟讀、深思而問、辨之。苟知其理之當然，而責其身以必然，則夫規矩禁防之具，豈待他人設之而後有所持循哉？近世於學有規，其待學者為已淺矣。而其為法，又未必古人之意也。故今不複以施於此堂，而特取凡聖賢所以教人為學之大端，條列如右，而揭之楣間。諸君其相與講明遵守，而責之於身焉，則夫思慮雲為之際，其所以戒謹而恐懼者，必有嚴於彼者矣。其有不然，而或出於此言之所棄，則彼所謂規者，必將取之，固不得而略也。諸君其亦念之哉！
《白鹿洞书院教条》不但体现了朱熹以“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”等一套儒家经典为基础的教育思想，而且成为南宋以后中国封建社会七百年书院办学的样式，也是教育史上最早的教育规章制度之一，这无疑是研究我国教育史的一份很有意义的资料。
朱熹在白鹿洞书院还广邀国内著名学者前来讲学，学术空气相当活跃。最著名的事件就是朱熹邀请陆九渊到书院来讲学。这是发生在南宋淳熙八年（公元1181年）的一件很有意义的事件，历史上称为“朱陆讲会”。
陆九渊是“心学”的代表人物，在学术观点上同朱熹为代表的“道学”是互相对立的。在淳熙二年（公元1175年），在吕祖谦的组织和主持下，曾经发生过南宋学术界的著名事件———“鹅湖之会”。在这次会上，朱熹和陆氏九龄、九渊兄弟关于“为学之方”的问题，进行过一场激烈的辩论。在辩论的过程中，“元晦之意欲令人泛观博览而后归之约，二陆之意欲先发明人之本心而后使之博览；朱以陆之教人为太简，陆以朱之教人为支离。”谁也没有说服谁。
六年后，朱熹邀请陆九渊到白鹿洞书院来讲学时，这场辩论还在继续，陆指朱为“邪意见，闲议论”，朱指陆为“作禅会”、“为禅学”。但是，朱熹并不因此而持有门户之见，作为东道主，待陆九渊为贵宾。陆九渊应邀在白鹿洞书院以《论语》中“君子喻于义，小人喻于利”一章为题，发表演讲，很受听众的欢迎。据记载，有些学生甚至被陆九渊精湛、透辟的说讲感动得潸然泪下。可见，陆九渊的演说才能是很高的。这次演讲也很受朱熹的赞赏，并请陆九渊将演讲稿刻石以资纪念，朱熹亲为题跋。在书院里，我们看到刻有陆九渊这次讲稿和朱熹题跋的碑文。这无疑是我国学术史上一份极为可贵的资料。
“朱陆讲会”不仅首开书院“讲会”制度的先河，为不同学派同在一个书院讲学树立了范例，在中国儒学史上也一直被传为佳话，这是南宋学术繁荣的一个条件，同时也是学术繁荣的一个标志。自朱熹之后，白鹿洞书院“一时文风士习之盛济济焉，彬彬焉”。它与岳麓书院一样，成为宋代传习理学的重要基地。虽然南宋的学术繁荣被后来的“庆元党禁”打断了，但它在历史上却留下了虽然短暂但很辉煌的一页，则是值得我们珍视的。
元代末年，白鹿洞书院被毁于战火，一直到明代的正统元年才修复，以后又有所扩修。
白鹿洞书院是庐山风景名胜区重要文化景观之一，被列为全国重点文物保护单位。白鹿洞书院集文物管理、教学、学术研究、旅游接待和林园布局五位一体，北有高山，东及南有鄱阳湖，周围保存着近3000亩自然保护林区，其优美的自然环境和丰富的人文景观受到联合国教科文组织自然与文化遗产专家考察组的高度评价。
近年来，以白鹿洞书院为载体的文化研究活动日益频繁，对中国和东南亚的文化思想、学术和教育都起到了重要的交流和促进作用。从2000年开始，白鹿洞书院每年出版一本《中国书院论坛》，每年召开一次学术研讨会。
